開(kāi)源平臺(tái) | 三維結(jié)構(gòu)光照明顯微成像重建算法
由于快速、低光毒性、高染料兼容性的優(yōu)勢(shì),結(jié)構(gòu)光照明顯微成像(SIM)成為細(xì)胞器動(dòng)態(tài)觀測(cè)最有力的超分辨顯微技術(shù)。隨著SIM的發(fā)展,國(guó)內(nèi)外專家學(xué)者們一系列關(guān)于SIM的算法工作,如Open-SIM、fairSIM、Hessian-SIM、HiFi-SIM等,這些開(kāi)源軟件也促進(jìn)了一系列的硬件進(jìn)展,如SLM-SIM、DMD-SIM,以及商業(yè)化的系統(tǒng)如Airy-SIM等,算法與硬件的結(jié)合使得SIM領(lǐng)域變得開(kāi)放而充滿活力。2008年,Gustafsson課題組首次提出了3DSIM的概念,3DSIM相對(duì)于2DSIM有著縱向平面分辨率的兩倍提升,極大地消除了2DSIM中常見(jiàn)的離焦背景并獲得了全細(xì)胞成像的能力。但由于3DSIM的復(fù)雜性,3DSIM的發(fā)展總體而言落后于2DSIM,其算法要么存在于閉源的商用系統(tǒng)中,要么基于傳統(tǒng)的Weiner-3DSIM,用戶友好度較低且偽影較為嚴(yán)重。因此,一個(gè)開(kāi)源且強(qiáng)大的3DSIM軟件急需被開(kāi)發(fā),以適應(yīng)3DSIM日益增長(zhǎng)的發(fā)展需求。 因此,未來(lái)技術(shù)學(xué)院席鵬教授課題組繼在提出開(kāi)源2DSIM重建平臺(tái)Open-SIM后(IEEE JSTQE2018),開(kāi)發(fā)了全新的開(kāi)源3DSIM重建平臺(tái)——Open-3DSIM,這一工作近期發(fā)表在Nature Methods期刊。 與Open-SIM相比,Open-3DSIM建立在MATLAB,F(xiàn)iji以及Exe軟件平臺(tái)上,以供不同需求的用戶使用。它具有高保真、低偽影的優(yōu)勢(shì),在低信噪比條件下也有著很好的重建效果。此外,偏振偶極子成像的引入使得Open-3DSIM具有偏振成像的能力。 圖1. a,低信噪比、低調(diào)制度條件下通過(guò)±1級(jí)與±2級(jí)頻譜尖峰點(diǎn)進(jìn)行協(xié)同參數(shù)估計(jì)。b,根據(jù)系統(tǒng)光學(xué)轉(zhuǎn)換函數(shù)與估計(jì)的參數(shù)設(shè)計(jì)的各類頻譜優(yōu)化濾波器。c,Open-3DSIM與寬場(chǎng)圖像(WF),單層3DSIM算法(HiFi-SIM)的對(duì)比以及基于Open-3DSIM的偶極子取向解析(pOpen) 為了提高3DSIM的重建效果,席鵬課題組首次提出了自適應(yīng)參數(shù)估計(jì)方法,通過(guò)正負(fù)一級(jí)與正負(fù)二級(jí)頻率尖峰點(diǎn)進(jìn)行協(xié)同參數(shù)估計(jì),極大地提高了低信噪比、低調(diào)制度條件下3DSIM參數(shù)估計(jì)的準(zhǔn)確性。同時(shí)設(shè)計(jì)了一系列頻域?yàn)V波操作進(jìn)行偽影的抑制與弱細(xì)節(jié)的保留,包括設(shè)計(jì)陷波函數(shù)抑制六角偽影,設(shè)計(jì)一級(jí)濾波函數(shù)抑制旁瓣與振鈴偽影,設(shè)計(jì)二級(jí)濾波函數(shù)保留細(xì)節(jié)信息并提高重建分辨率等。這些優(yōu)化在確保重建保真性的同時(shí),極大地抑制了3DSIM重建的離焦背景與各類偽影,使得Open-3DSIM的重建效果全面優(yōu)于現(xiàn)有的各類重建算法(AO-3DSIM、4BSIM、SIMnoise等)與商用重建軟件(GE | OMX等)。尤其在極低信噪比條件下,Open-3DSIM和其他算法在低信噪比條件下的均方誤差(MAE)和信噪比(SNR)相近,這展示了Open-3DSIM在低信噪比情況下優(yōu)越的重建性能。 此外,席鵬課題組根據(jù)熒光對(duì)不同角度偏振光發(fā)射強(qiáng)度不同的原理,將熒光偏振取向信息引入3DSIM重建的后處理當(dāng)中,使得在無(wú)需任何硬件改動(dòng)的前提下即可獲取各類生物樣本的偶極子取向信息。如圖2所示,由于Open-3DSIM低偽影、高分辨率的優(yōu)勢(shì),他們成功對(duì)Cos-7細(xì)胞進(jìn)行了三色成像,并解析了線粒體嵴的三維結(jié)構(gòu)與其動(dòng)態(tài)分離融合過(guò)程,獲得了5um小鼠腎切片微絲細(xì)胞器的三維偶極子取向信息。Open-3DSIM提供了橫向/縱向超分辨,多色,長(zhǎng)時(shí)程以及偶極子取向的六維(XYZlθT)重建技術(shù),為亞細(xì)胞器的多維動(dòng)態(tài)成像提供了有利工具。 |